Stéphane Audeguy a commencé par le cinéma, en régie d'abord, puis derrière un banc de montage. Il enseigne actuellement l'histoire du cinéma et des arts.
Son premier roman,
La théorie des nuages, sort en 2005. Une bibliothécaire aimant le sperme est détachée auprès d'un Japonais collectionneur de livres météorologiques et amateur de prostituées hollandaises. Elle doit l'aider à mettre de l'ordre dans sa bibliothèque, il lui raconte les chasseurs de nuages, les vrais, les imaginaires, et finalement son histoire à lui. Le bandeau de couverture précise que cette théorie des nuages est aussi une théorie des corps, très présents dans le livre, surtout les sexes féminins, ainsi que leurs fluides. Le roman est presque unanimement salué comme érudit et drôle et obtient le prix du style et le prix
Maurice Genevoix de l'Académie française.
Stéphane Audeguy récidive en 2006 avec
Fils unique, l'histoire de François Rousseau, frère de
Jean-Jacques Rousseau. Le point de départ est historique, François Rousseau a réellement existé. Il était aussi libertin que son frère était psychorigide, ce qui explique peut-être pourquoi le philosophe l'a radicalement exclu de ses récits. Le roman d'Audeguy est le recueil des mémoires que François adresse à son frère avant de mourir. Plus qu'un véritable personnage créant un lien avec le lecteur, François Rousseau est un guide du XVIIIe siècle, faisant de
Fils unique une visite de l'époque avec ses célébrités, ses libertins et ses maisons closes. Ecrit dans un style proche de l'écriture ampoulée du XVIIIe siècle, le roman est tissé d'allusions et de références qui finissent par alourdir l'ensemble au lieu de l'éclairer. Exercice de style original sinon dans sa forme, dans son point de départ, il dédouble
Les Confessions en étant d'une lecture bien plus facile. Largement apprécié par la critique, il est sélectionné pour le Goncourt et le Goncourt des lycéens, qui s'avèrent plus choqués qu'intéressés par la sexualité du XVIIIe siècle.
En 2007, il publie un nouvel ouvrage
Les monstres : Si loin et si proches, ainsi que
Petit éloge de la douceur.