Hugo Pratt appartient à une famille vénitienne aux origines anglaises, françaises, marranes et turques. Outre l'ésotérisme, legs de ses ancêtres francs-maçons et cabalistes, il s'intéresse à la bande dessinée, à la littérature anglo-saxonne ou aux films hollywoodiens. De 1937 à 1943, Hugo Pratt découvre l'Abyssinie (auj. Éthiopie). Momentanément soldat à treize ans, il reste fidèle à son amitié pour les Africains qu'il est censé combattre et à son amour des cultures différentes. De 1945 à 1949, il fait ses débuts dans L'As de Pique, revue éditée par ses amis dessinateurs et scénaristes du "Groupe de Venise", influencés par la bande dessinée américaine. De 1949 à 1962, le Vénitien émigre en Argentine.
Il poursuit sa carrière de dessinateur, collaborant notamment avec le scénariste Hector G. Oesterheld.
De 1962 à 1970, Hugo Pratt revient en Italie. Un mécène génois, Florenzo Ivaldi, finance la parution de Sgt Kirk. Cette revue édite pour la première fois en Europe les bandes dessinées de sa période argentine et La ballade de la mer salée, où apparaît Corto Maltese, en juillet 1967. De 1970 à 1984, le dessinateur vit principalement en France. Corto Maltese y est devenu le protagoniste récurrent d'une série publiée par le magazine Pif Gadget.
Il meurt d'un cancer à l’âge de 68 ans.